三个月宝宝大便有粘液，可能是以下原因引起：
1.消化不良：宝宝的消化系统尚未完全发育成熟，可能无法充分消化食物，导致食物残渣与肠道分泌物混合，形成粘液。
2.感染：肠道感染（如病毒、细菌或寄生虫感染）可能导致粘液分泌增加，同时还可能伴有其他症状，如腹泻、呕吐、发热等。
3.过敏：宝宝对某些食物或物质过敏，也可能引起肠道炎症和粘液分泌。
4.肠道炎症：炎症性肠病（如溃疡性结肠炎、克罗恩病）等肠道疾病也可能导致粘液便。
5.其他：如肠套叠、先天性肠道畸形等也可能引起粘液便。
针对三个月宝宝大便有粘液的情况，建议采取以下措施：
1.观察宝宝的其他症状，如是否有腹泻、呕吐、发热等，以及精神状态、食欲等情况。
2.注意宝宝的饮食，如果是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物；如果是人工喂养，可考虑更换奶粉品牌或调整奶粉冲泡比例。
3.保持宝宝的臀部清洁，及时更换尿布，避免尿布疹的发生。
4.如粘液便持续时间较长或伴有其他异常症状，应及时就医。医生可能会进行大便常规、血常规等检查，以明确原因，并根据具体情况给予相应的治疗。
需要注意的是，每个宝宝的情况可能不同，因此在处理宝宝的大便问题时，最好咨询医生的建议。同时，定期带宝宝进行儿童保健检查，及时发现和解决问题，保障宝宝的健康成长。