喉咙疼发烧39°C不一定是新型冠状病毒感染，可能是其他原因引起的。以下是一些可能的原因：
1.普通感冒：普通感冒是由病毒引起的上呼吸道感染，常伴有喉咙疼痛、咳嗽、鼻塞、流涕、发热等症状。
2.流感：流感是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病，主要症状为发热、头痛、肌肉疼痛、咳嗽、喉咙疼痛等。
3.细菌感染：细菌感染也可能导致喉咙疼发烧，如扁桃体炎、咽炎、肺炎等。
4.其他病毒感染：除了新型冠状病毒，还有其他病毒如腺病毒、呼吸道合胞病毒等也可能引起喉咙疼发烧。
5.自身免疫性疾病：某些自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等也可能出现喉咙疼发烧的症状。
6.恶性肿瘤：喉咙疼发烧也可能是某些恶性肿瘤的早期表现之一。
如果出现喉咙疼发烧39°C，建议采取以下措施：
1.测量体温：使用体温计测量体温，了解体温变化情况。
2.多喝水：多喝水可以帮助缓解喉咙疼痛，防止脱水。
3.注意休息：保持充足的睡眠，避免过度劳累。
4.观察症状：观察其他症状的出现，如咳嗽、流鼻涕、呼吸困难等。
5.就医：如果症状持续不缓解或加重，或出现其他严重症状，如呼吸急促、胸闷、胸痛等，应及时就医。
在就医时，医生会进行详细的问诊和体格检查，并根据具体情况进行必要的实验室检查，如血常规、C反应蛋白、核酸检测等，以明确病因并给予相应的治疗。
需要注意的是，新型冠状病毒感染的症状可能与其他疾病相似，因此在疫情期间，如果有接触史或旅行史，应及时就医，并告知医生相关情况，以便进行进一步的排查和诊断。同时，应注意个人卫生，勤洗手，保持社交距离，佩戴口罩等，以预防感染。