病毒和细菌在大小、结构、繁殖方式等方面存在差异。病毒个体极其微小，需借助电子显微镜观察，结构简单，仅由核酸和蛋白质外壳构成，自身不能独立繁殖，必须寄生在活细胞内；细菌个体相对较大，有细胞结构，虽无成形细胞核，但有细胞壁等结构，能独立进行部分代谢活动并繁殖。
大小形态方面
病毒比细菌小得多，病毒形态多样，有球形、杆形、蝌蚪形等；细菌形态有球状、杆状、螺旋状等。
结构组成差异
病毒无细胞结构，主要由核酸（DNA或RNA）和蛋白质外壳组成；细菌有细胞结构，有细胞壁、细胞膜、细胞质等，虽无成形细胞核，但有拟核区域。
繁殖方式不同
病毒靠侵入宿主细胞，利用宿主细胞的物质和能量进行自我复制来繁殖；细菌主要通过二分裂的方式进行无性繁殖，在适宜环境中能快速繁殖。
对药物的敏感性差异
细菌感染常用抗生素治疗，而病毒感染一般需要特定的抗病毒药物，且抗生素对病毒无效。对于儿童等特殊人群，使用药物更需谨慎，应遵循专业医生的指导，因为儿童的肝肾功能等发育尚未完全，药物代谢与成人不同。