在月经第二天同房后第三天月经就停止，可能与以下因素有关：
1.同房刺激：月经期间，子宫内膜脱落，此时同房可能会刺激子宫收缩，导致月经停止。
2.感染：月经期间，女性的免疫力下降，同房可能会导致细菌感染，引起子宫内膜炎、盆腔炎等，从而导致月经停止。
3.内分泌失调：同房可能会影响女性的内分泌系统，导致内分泌失调，从而影响月经周期。
4.其他：如果女性在月经期间过度劳累、精神紧张、情绪波动等，也可能会导致月经停止。
需要注意的是，月经期间同房可能会增加感染的风险，还可能会导致经血逆流，引起子宫内膜异位症等疾病。因此，建议女性在月经期间避免同房。如果出现月经停止的情况，建议及时就医，进行相关检查，以排除疾病的可能。同时，建议女性在日常生活中注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累、精神紧张、情绪波动等，注意保暖，避免着凉。