黄连上清丸具有清热通便、散风止痛的功效，主要用于治疗上焦内热，症见头晕脑胀、牙龈肿痛、口舌生疮、咽喉红肿、耳痛耳鸣、暴发火眼、大便干燥、小便黄赤等。
黄连上清丸的主要成分包括黄连、栀子、连翘、蔓荆子、防风、荆芥穗、白芷、黄芩、菊花、薄荷、酒大黄、黄柏、桔梗、川芎、石膏、旋覆花、甘草等。方中黄连、黄芩、黄柏清热燥湿，泻火解毒；栀子、连翘、蔓荆子、防风、荆芥穗、白芷、菊花、薄荷疏散风热，清利头目；大黄、芒硝泻下通便，导热下行；桔梗、川芎、石膏清热利咽，活血化瘀；旋覆花下气消痰，降逆止呕；甘草调和诸药。诸药合用，共奏清热通便、散风止痛之功。
需要注意的是，黄连上清丸中含有黄连、黄芩、黄柏等苦寒药物，长期服用可能会损伤脾胃，导致脾胃虚寒。因此，脾胃虚寒者不宜服用黄连上清丸。此外，黄连上清丸中含有大黄、芒硝等泻药，孕妇及哺乳期妇女应禁用，以免引起流产或影响胎儿发育。