睡醒后只有一个眼睛疼，可能与以下原因有关。
感染：如麦粒肿、睑缘炎、结膜炎、角膜炎等，可导致眼部红肿、疼痛。
外伤：睡觉时不慎压迫眼部，或眼部受到撞击、划伤等，可引起疼痛。
过敏：接触过敏原后，可出现眼部瘙痒、疼痛、红肿等症状。
干眼：长时间使用电子设备、环境干燥等，可导致眼睛干涩、疼痛。
其他：青光眼、虹膜炎、眶上神经痛等疾病，也可引起眼部疼痛。
此外，一些全身性疾病，如感冒、发热、高血压等，也可能导致眼部疼痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如视力下降、眼红、分泌物增多等，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意眼部卫生，避免揉眼，避免长时间用眼，保持充足的睡眠。对于有眼部疾病史的患者，应遵医嘱按时用药，定期复查。
需要注意的是，儿童、老年人、孕妇等特殊人群，眼部结构和生理功能较为特殊，更容易出现眼部问题。如果出现眼部疼痛，应及时就医，避免延误病情。