药流后两个月恶露不尽可能是以下原因导致的：
1.组织物残留：药物流产后子宫腔内有妊娠组织残留，会导致恶露不尽。B超检查一般可以诊断。如果残留物较小，可以使用益母草等药物促进子宫收缩，帮助残留物排出；如果残留物较大，需要进行清宫手术。
2.宫腔感染：药流后不注意个人卫生，过早进行性生活等，可能导致宫腔感染，引起子宫内膜炎，从而出现恶露不尽的症状。还可能伴有下腹痛、发热、白带异常等症状。需要使用抗生素进行抗感染治疗，如头孢呋辛酯、甲硝唑等。
3.子宫复旧不良：药流后过度劳累、休息不好、营养不良等，可能导致子宫复旧不良，影响恶露排出。可以服用益母草颗粒、新生化颗粒等药物促进子宫收缩，帮助恢复。
4.其他：药流后两个月恶露不尽还可能与子宫肌瘤、子宫息肉等疾病有关。
需要注意的是，药流后两个月恶露不尽是一种异常情况，需要及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，药流后要注意个人卫生，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴，避免劳累和剧烈运动，加强营养，促进身体恢复。