肛门隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起。典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。治疗肛裂的方法包括调整饮食、软化大便、局部外用药物（如硝酸甘油软膏）和坐浴等。如果肛裂严重，可能需要手术治疗。
2.肛窦炎：肛窦炎是指肛窦部的感染性疾病，常并发肛乳头炎。症状包括肛门部不适和隐痛，排便时加重。治疗方法包括使用抗生素（如甲硝唑、环丙沙星）、局部外用药物（如痔疮膏）和坐浴等。
3.痔疮：内痔或混合痔可无明显症状，也可表现为肛门疼痛、便血。外痔发生血栓或炎症时则会出现肛门疼痛。治疗方法包括调整饮食、保持大便通畅、局部外用药物（如痔疮膏、栓剂）、口服药物（如迈之灵）和手术治疗等。
4.肛周脓肿：是指肛管直肠周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。主要症状为肛周持续性剧烈疼痛，还可能伴有发热、全身乏力等。肛周脓肿需要及时切开引流，并使用抗生素治疗。
5.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠癌也会导致肛门疼痛，伴有大便习惯改变、大便性状改变、便血等症状。如果出现不明原因的肛门疼痛，尤其是伴有其他症状时，应及时就医，进行肛门指诊、结肠镜等检查，以排除肛管直肠恶性肿瘤的可能。
此外，肛门局部的感染、损伤、肛门括约肌痉挛等也可能导致肛门隐隐作痛。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。同时，保持肛门局部清洁，避免久坐、久站，养成良好的排便习惯，对预防肛门疾病的发生也很重要。