碘伏是单质碘与聚乙烯吡咯烷酮的不定型结合物，为红棕色液体，杀菌谱广，对细菌、病毒、真菌等都有杀灭作用，刺激性较小。紫药水是甲紫溶液，呈紫色，主要对革兰氏阳性菌如葡萄球菌、白喉杆菌，以及绿脓杆菌、白念珠菌、表皮癣菌等有杀灭作用，但杀菌力较弱，刺激性也相对较大。
成分方面
碘伏主要成分是碘和聚维酮；紫药水主要成分是甲紫。
消毒效果
碘伏消毒效果较好且广谱，能较快杀灭多种病原体；紫药水消毒范围相对较窄，杀菌作用相对弱些。
颜色与使用后表现
碘伏使用后皮肤或创面染色较轻，易清洗；紫药水使用后染色较明显，创面可能会有紫色残留。
适用创面情况
碘伏适用于多种创面，包括破损皮肤、黏膜等；紫药水常用于浅表皮肤黏膜的轻度感染，如小面积擦伤等，但现在由于其可能有潜在致癌风险等，使用受限情况增多。
对特殊人群影响
对于儿童等特殊人群，紫药水的使用需谨慎，因其存在一定安全隐患，而碘伏相对更安全些，但也需在医生指导下合理使用，特殊人群使用时都要注意观察局部反应等情况。