女性腰部两侧疼痛的原因有很多，以下是一些常见的原因：
1.腰椎间盘突出：(1)腰椎间盘各部分（髓核、纤维环及软骨板），尤其是髓核，有不同程度的退行性改变后，在外力因素的作用下，椎间盘的纤维环破裂，髓核组织从破裂之处突出（或脱出）于后方或椎管内，导致相邻脊神经根遭受刺激或压迫，从而产生腰部疼痛，一侧下肢或双下肢麻木、疼痛等一系列临床症状。(2)常见症状有腰痛、下肢放射痛、马尾神经症状。
2.腰肌劳损：(1)腰部肌肉及其附着点筋膜或骨膜的慢性损伤性炎症，主要症状是腰或腰骶部胀痛、酸痛，反复发作，疼痛可随气候变化或劳累程度而变化。(2)劳损好发于肌肉起止点附近，长期、反复的牵拉、挤压易出现肌肉无菌性炎症，刺激神经末梢出现疼痛。
3.泌尿系统感染：(1)女性泌尿系统与外界相通，且尿道较短，容易发生逆行感染。(2)泌尿系统感染常见的症状有尿频、尿急、尿痛，有时也会出现腰部疼痛。
4.生殖系统疾病：(1)女性生殖系统在盆腔内，与腰部的神经支配有密切关系。(2)生殖系统疾病也会引起腰部疼痛，如盆腔炎、宫颈炎、附件炎等。
5.其他：(1)女性在经期、孕期、哺乳期等特殊时期，由于身体激素水平的变化，容易出现腰部疼痛。(2)长期从事重体力劳动、久坐、久站等，也会导致腰部肌肉劳损，出现疼痛。
如果女性出现腰部两侧疼痛，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。