阴茎皮下有一个小硬疙瘩，阴茎根部每一根阴毛的根部都有一个小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.皮脂腺异位症：这是一种良性病变，可能与内分泌因素、局部刺激或创伤有关。主要表现为阴茎、阴囊或阴唇等部位出现针头大小的小丘疹，颜色为淡黄色或淡白色。一般没有明显症状，不需要特殊治疗。
2.传染性软疣：这是由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病。主要通过直接接触或间接接触传播。可表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。治疗方法主要是刮除或挤出疣体，然后涂抹抗病毒药物。
3.尖锐湿疣：这是一种由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。主要通过性接触传播。初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。可伴有瘙痒、疼痛、性交出血等症状。治疗方法包括物理治疗、药物治疗和免疫疗法等。
4.阴茎硬结症：这是一种病因不明的疾病，可能与遗传、损伤、感染等因素有关。主要表现为阴茎海绵体白膜的纤维化病变，导致阴茎出现硬结和弯曲畸形。可伴有疼痛、勃起功能障碍等症状。目前尚无特效的治疗方法，主要是针对症状进行治疗。
5.其他：还可能是阴茎肿瘤、毛囊炎、皮脂腺囊肿等疾病引起。
总之，引起阴茎皮下小硬疙瘩的原因较多，建议及时就医，明确诊断，然后采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，避免搔抓和挤压患处，以免引起感染扩散。