怀孕三个月还有少量出血，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕三个月时胎儿发育尚不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动或孕酮水平低等因素，可能导致先兆流产，出现少量阴道出血。需及时就医，进行超声检查、血孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）测定等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，应注意休息，避免劳累和性生活，在医生的指导下使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物进行治疗。
2.宫颈息肉：怀孕期间，孕妇体内激素水平变化可能导致宫颈息肉形成，引起少量阴道出血。通常还会伴有白带异常、下腹坠胀等症状。可行妇科检查明确诊断，对于较大的宫颈息肉，可在医生操作下进行息肉摘除术。
3.前置胎盘：前置胎盘是指胎盘附着于子宫下段或覆盖在子宫颈内口处，妊娠28周后，胎盘位置仍低于胎儿先露部，可能导致孕期无痛性阴道出血。超声检查可明确诊断。确诊前置胎盘后，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时密切观察阴道出血情况，必要时需住院保胎治疗。
4.其他：胎盘早剥、妊娠期高血压疾病、泌尿系统感染等也可能导致怀孕三个月时阴道少量出血。
总之，怀孕三个月少量出血是一种异常情况，需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉悦，按时产检。