怀孕46天孕酮低，孩子是否能保住，需要综合多方面因素来判断，不能一概而论。以下是一些可能的情况和建议：
1.孕酮水平低但胎儿正常：在怀孕早期，孕酮水平可能会有波动，而且孕酮水平低并不一定意味着胎儿有问题。医生会通过超声检查来评估胎儿的发育情况，如果胎儿发育良好，有胎芽和胎心搏动，那么可以采取一些措施来提高孕酮水平，帮助胎儿继续发育。
补充孕激素：医生可能会建议口服或肌内注射孕激素类药物，如黄体酮胶囊、地屈孕酮片等，以提高孕酮水平。
卧床休息：减少活动，尤其是剧烈运动和性生活，以避免流产。
定期复查：需要密切监测孕酮水平和胎儿的发育情况，及时调整治疗方案。
2.孕酮水平低且胎儿发育异常：如果超声检查发现胎儿发育不良，没有胎芽或胎心搏动，或者孕酮水平持续下降，那么保住胎儿的可能性较小。此时，医生可能会建议终止妊娠，以避免对母体造成更大的伤害。
3.其他因素：除了孕酮水平外，还有其他因素可能影响胎儿的发育和保住的机会，如孕妇的年龄、健康状况、是否有其他疾病等。
需要注意的是，每个人的情况都不同，治疗方案应根据个体情况制定。在面对孕酮低的情况时，建议及时就医，遵循医生的建议进行治疗和监测。同时，孕妇要保持良好的心态，注意休息，避免紧张和焦虑情绪，这对胎儿的发育也非常重要。
此外，如果怀孕46天孕酮低，还可以考虑以下辅助治疗方法：
1.饮食调整：摄入富含孕激素的食物，如大豆、黑豆、菠菜等，有助于提高孕酮水平。
2.中医调理：一些中医方法，如艾灸、中药调理等，也可能对提高孕酮水平有一定帮助，但需在专业中医师的指导下进行。
需要强调的是，以上内容仅供参考，具体治疗方案请以医生的建议为准。如果对孕酮低或胎儿的情况有任何疑问，应及时与医生沟通，以便做出明智的决策。