两者的区别在于它们的化学结构和制剂形式。
盐酸左氧氟沙星是左氧氟沙星的盐酸盐，是左氧氟沙星的水溶性形式。盐酸左氧氟沙星在水中的溶解度更高，因此更容易制成注射液等剂型，适用于需要快速起效的情况，如静脉滴注。
左氧氟沙星胶囊则是左氧氟沙星的固体剂型，通过口服的方式给药。与盐酸左氧氟沙星相比，左氧氟沙星胶囊的优点是服用方便，稳定性好，适合长期使用。
此外，两者的药效和不良反应相似，但在具体应用时，医生会根据患者的病情、年龄、身体状况等因素，选择合适的剂型和剂量。
需要注意的是，左氧氟沙星属于处方药，应在医生的指导下使用。在使用过程中，应严格按照医嘱用药，避免自行增减剂量或更换药物。同时，应注意药物的不良反应，如过敏、胃肠道反应等。如有不适，应及时就医。