干扰素使用过程中可能出现多种副作用及潜在后遗症，一般短期副作用多在用药初期较明显，而部分长期后遗症可能在停药后仍有表现。
常见短期副作用
常见短期副作用包括流感样症状，如发热、寒战、乏力、头痛等，多在用药最初几次注射后出现，一般持续数小时至数天，这是因为干扰素可引起机体免疫反应激活相关症状。
血液系统影响
可能导致外周血细胞减少，如白细胞、血小板、红细胞计数下降等。这是由于干扰素会影响骨髓造血功能，不同患者对血细胞影响程度可能因个体差异有所不同。
精神神经系统表现
部分患者会出现精神神经系统症状，像抑郁、焦虑、失眠等。其机制可能与干扰素影响神经递质代谢等有关，女性患者相对更易出现此类精神方面的副作用。
皮肤相关反应
皮肤可能出现皮疹、瘙痒等表现，这是因为干扰素可引起皮肤免疫反应变化，生活方式中接触刺激性物质等可能加重皮肤症状，有过敏体质患者更易发生。
长期潜在后遗症
长期潜在后遗症方面，有研究发现部分患者可能存在甲状腺功能异常等问题，这与干扰素影响甲状腺相关免疫调节有关，有甲状腺疾病病史患者风险相对更高。还有可能出现自身免疫性疾病相关表现，这与干扰素打破机体免疫平衡有关，老年患者机体调节能力相对较弱，发生长期后遗症风险需关注。