药物流产的最佳时间一般在怀孕49天内。但需要注意的是，药流可能会出现药流不全、出血时间长、继发感染等风险，因此必须在有正规抢救条件的医疗机构进行，在医生的指导下使用，并确定药流的适用人群。
药流的适用人群为：
停经在49日以内，确诊为早孕，年龄在40岁以下而自愿要求结束妊娠的健康妇女。
不宜行手术流产的高危妊娠，如产后、近期剖宫产后、近期人工流产术后、连续多次人工流产、子宫位置不正常、生殖道畸形、有子宫穿孔史、有盆腔脊柱肢体畸形而不能采取膀脱截石位等。
对手术流产有恐惧心理的妇女。
药流的禁忌人群为：
米非司酮药物禁忌：内分泌疾病（如肾上腺疾病、糖尿病、甲状腺疾病等）、肝肾功能异常、妊娠期皮肤瘙痒病史、血液病和血管栓塞病史、与甾体激素有关的肿瘤。
前列腺素药物禁忌：心脏病、青光眼、哮喘、胃肠功能紊乱和过敏体质者。
带宫内节育器妊娠者。
可疑宫外孕者。