小脚趾指甲根部肿痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.甲沟炎：甲沟及其周围组织的感染，常由微小刺伤、挫伤、倒刺或剪指甲过深等损伤引起。
症状：甲沟部位红肿、疼痛，严重时可能化脓，有脓液流出。
治疗：轻度甲沟炎可以使用热敷、外用抗生素（如莫匹罗星软膏）等方法治疗；如果症状严重，可能需要口服抗生素或进行甲沟切开引流。
预防：保持甲沟周围皮肤清洁，避免损伤，修剪指甲时不要剪得太短。
2.指甲内嵌：指甲生长方向异常，嵌入甲沟组织，导致疼痛和感染。
症状：小脚趾指甲根部红肿、疼痛，可能有甲沟渗液。
治疗：需要医生进行甲沟成形术，将嵌入的指甲纠正出来。
预防：选择合适的鞋子，避免长时间挤压脚趾，定期修剪指甲，但不要修剪过短。
3.痛风：尿酸盐结晶在关节和周围组织沉积引起的炎症。
症状：除了小脚趾指甲根部肿痛，还可能有关节红肿、发热、疼痛等症状。
治疗：需要就医，医生可能会开具药物（如非甾体抗炎药、秋水仙碱等）来缓解疼痛和炎症。同时，需要调整饮食，减少高嘌呤食物的摄入，如海鲜、动物内脏等。
预防：控制体重，避免饮酒，多喝水，多吃蔬菜水果。
4.其他原因：类风湿关节炎、感染、外伤等也可能导致小脚趾指甲根部肿痛。
如果小脚趾指甲根部肿痛持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便确定病因并采取相应的治疗措施。此外，在等待就医期间，可以采取以下措施缓解疼痛：
休息：避免长时间站立或行走，给脚趾足够的休息时间。
抬高患肢：将患肢抬高，有助于减轻肿胀。
冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在肿痛处，每次15-20分钟，每天数次。
避免刺激：避免穿紧身鞋、挤压脚趾，避免用手搔抓患处。
需要注意的是，以上内容仅供参考，如果有特殊人群，如孕妇、哺乳期妇女、儿童、老年人等，需要在医生的指导下进行治疗。同时，如果肿痛伴有其他症状，如发热、寒战、皮肤破损等，可能需要进一步的检查和治疗。