男性HPV39阳性是否严重，需要结合具体情况来判断。HPV39阳性提示感染了人乳头瘤病毒39型，这是一种高危型HPV感染。
如果只是单纯的HPV39阳性，没有疣体，也没有其他异常，通常不严重。这种情况可能是一过性感染，通过自身免疫力可以清除HPV。可以定期复查，观察HPV转阴情况。
然而，如果HPV39阳性同时伴有尖锐湿疣、阴茎癌、肛门癌等疾病，或者持续阳性，那么情况可能会比较严重。尖锐湿疣是一种常见的性病，由HPV感染引起，可在外生殖器和肛门周围出现疣状赘生物。阴茎癌和肛门癌也与HPV感染有关。
对于HPV39阳性的男性，医生通常会建议进行进一步的检查，如醋酸白试验、病理活检等，以确定是否存在疣体或其他病变。如果有病变，可能需要进行相应的治疗，如激光、冷冻、手术等。
此外，提高免疫力对于清除HPV感染也非常重要。男性可以通过保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、避免高危性行为等，来增强免疫力。
需要注意的是，HPV感染是一种常见的性传播疾病，但大多数HPV感染会在一定时间内自行清除，只有少数持续感染可能会导致疾病。如果对HPV阳性结果有疑虑或担忧，建议及时咨询医生，以便获得更详细和个性化的建议。
同时，对于性伴侣，也应该进行相应的检查和治疗，以避免交叉感染。此外，定期进行宫颈癌筛查也是预防HPV相关疾病的重要措施。
总之，HPV39阳性的严重程度取决于具体情况，需要综合考虑症状、检查结果和个人免疫力等因素。及时就医并遵循医生的建议是处理HPV感染的关键。