病毒比细菌小很多，结构简单，无细胞结构，需依赖宿主细胞存活；细菌有细胞结构，体积相对较大，可独立生存。
形态结构方面
病毒形态多样，有球形、杆形等，无细胞结构，主要由核酸和蛋白质外壳组成；细菌有球状、杆状、螺旋状等，有细胞结构，具备细胞壁、细胞膜、细胞质等基本结构。
生存方式方面
病毒必须寄生在活细胞内，利用宿主细胞的物质和能量进行繁殖；细菌大多可独立生活，在土壤、水、空气等环境中能通过自身代谢获取营养来生长繁殖。
对人体影响方面
病毒感染常引发特异性疾病，如流感病毒引起流感，具有较强传染性；细菌感染可导致化脓性炎症等，部分细菌是人体正常菌群，在特定条件下会致病。
检测与治疗方面
检测病毒常用核酸检测等方法，治疗多需特定抗病毒药物；检测细菌可通过培养等方式，治疗常用抗生素，但要注意细菌耐药性问题。对于儿童等特殊人群，病毒感染需谨慎用药，多以对症支持为主；细菌感染使用抗生素需遵循规范，避免滥用。