牙龈长小肉包并伴有疼痛，可能是由以下原因引起的：
1.根尖周炎：通常是由于龋齿未及时治疗，导致牙髓感染，进而引起根尖周炎。炎症会刺激牙龈，形成瘘管，导致牙龈长小肉包，并伴有疼痛。
2.牙周炎：牙周炎是一种常见的口腔疾病，主要是由于牙结石、菌斑等刺激物引起的牙龈炎症。严重的牙周炎可能导致牙槽骨吸收，牙龈退缩，形成牙周袋，并在袋内形成小肉包。
3.牙龈瘤：牙龈瘤是一种牙龈的良性肿瘤，通常由局部刺激因素引起，如牙结石、不良修复体等。牙龈瘤一般呈圆形或椭圆形，质地较韧，可有疼痛或出血。
4.其他原因：智齿冠周炎、口腔黏膜病等也可能导致牙龈长小肉包并伴有疼痛。
治疗方法如下：
1.根尖周炎：需要进行根管治疗，即去除牙髓，消毒根管，最后填充根管。
2.牙周炎：需要进行牙周治疗，包括龈上洁治、龈下刮治、根面平整等，以清除牙结石和菌斑，并控制炎症。
3.牙龈瘤：较小的牙龈瘤可以通过手术切除，较大的牙龈瘤可能需要结合放疗、化疗等综合治疗。
4.其他原因：根据具体情况进行相应的治疗，如去除刺激因素、使用药物等。
需要注意的是，以上治疗方法应根据具体病情由专业医生制定。同时，保持良好的口腔卫生习惯，定期洗牙，及时治疗口腔疾病，对于预防牙龈问题的发生非常重要。如果牙龈长小肉包并伴有疼痛，建议及时就医，以便明确诊断并采取合适的治疗措施。