二价、四价、九价宫颈癌疫苗的主要区别在于覆盖的病毒亚型不同，价数越高，可预防的HPV病毒亚型种类越多。
二价宫颈癌疫苗主要预防HPV16和HPV18型病毒感染；四价宫颈癌疫苗在预防HPV16和HPV18型病毒感染的基础上，还能预防HPV6和HPV11型病毒感染；九价宫颈癌疫苗则是针对HPV6、HPV11、HPV16、HPV18、HPV31、HPV33、HPV45、HPV52和HPV58九种亚型的病毒感染。
需要注意的是，接种宫颈癌疫苗并不能完全替代宫颈癌筛查，建议女性定期进行宫颈癌筛查，以早期发现和治疗宫颈癌前病变。此外，接种宫颈癌疫苗前应先进行HPV检测，如有感染应先治疗，再接种疫苗。同时，接种疫苗后仍需注意性行为健康，定期进行宫颈癌筛查。