硫酸氨基葡萄糖可能出现一些副作用。常见的如胃肠道不适，部分患者服用后可能出现恶心、呕吐、腹泻等症状，这与药物对胃肠道黏膜的刺激有关。
过敏反应方面
少数人可能对硫酸氨基葡萄糖过敏，表现为皮疹、瘙痒、皮肤发红等，这是因为个体免疫系统对药物中的某些成分产生异常反应。
肝肾功能影响
长期大剂量使用时，可能会对肝肾功能有一定影响，不过这种情况相对较少见，一般是在不合理用药的情况下发生。
神经系统影响
个别人服用后可能出现头痛、眩晕等神经系统方面的不适，但发生概率较低。
特殊人群情况
对于孕妇和哺乳期女性，目前关于硫酸氨基葡萄糖对胎儿和婴儿的影响研究尚不充分，所以这类特殊人群使用时需谨慎，应在医生评估利弊后再决定是否使用；对于有严重肝肾功能不全的患者，使用时也需要格外小心，因为药物的代谢可能会受到影响，进而加重肝肾功能负担。