扁桃体发烧达40度属于高热情况，可能引发多种不良后果。高热可能导致患儿出现惊厥等神经系统症状，对于婴幼儿来说，因其神经系统发育不完善，更容易受高热影响。同时，高热会使身体代谢加快，消耗大量能量，还可能影响心肺等重要器官功能，若不及时处理，会对健康造成较大威胁。
一、对神经系统的影响
高热时，大脑神经元活动可能出现异常，儿童尤其是婴幼儿发生惊厥的风险增加。惊厥可能导致短暂的脑组织缺氧等情况，虽然多数惊厥停止后神经系统可恢复，但频繁或长时间惊厥可能对神经系统发育产生潜在不良影响。
二、对身体代谢的影响
体温40度时，身体代谢率显著升高，机体消耗的能量增多，若不能及时补充营养物质，可能导致患儿体力不支、精神萎靡等，影响身体恢复。
三、对重要器官功能的影响
高热会使心脏负担加重，心率加快，长时间可能影响心脏功能。同时，呼吸频率也会增快，对呼吸系统造成一定压力，若扁桃体炎症本身较重，加上高热，可能进一步影响呼吸功能，严重时可能导致呼吸、循环等系统功能紊乱。
四、特殊人群需高度重视
对于婴幼儿，因其各器官功能发育尚不成熟，对高热的耐受能力更差，出现扁桃体发烧40度情况时应尽快采取适当措施降温。而对于有基础疾病的儿童，如存在神经系统疾病、心肺疾病等，高热可能诱发基础疾病加重，需格外谨慎对待，及时就医处理。