一、碎石后正常的短暂疼痛
肾结石碎石后短时间内疼痛可能是碎石过程中对尿路组织的刺激，一般在数小时到1 - 2天内会逐渐缓解，这是因为碎石后结石碎片在排出过程中刺激尿路黏膜引起的。
二、结石碎片排出不畅导致疼痛
如果结石碎片较大，在输尿管等部位停留，阻碍尿液排出，就会持续引起疼痛，这种情况可能会持续数天甚至更久，因为碎片堵塞尿路，使得尿液积聚，压力升高刺激神经导致疼痛。
三、尿路损伤较重引发疼痛
碎石过程中可能对尿路黏膜造成较严重损伤，如黏膜撕裂等，会导致持续疼痛，这种损伤恢复需要一定时间，疼痛时间因人而异，一般数天到一周左右可能逐渐减轻，但如果损伤严重恢复时间会延长。
四、感染因素导致疼痛
碎石后尿路局部防御能力下降，容易发生感染，感染会引起炎症反应，导致肾脏或尿路区域持续疼痛，同时可能伴有发热、尿频、尿急等症状，感染不控制疼痛难以缓解。对于儿童等特殊人群，由于其免疫力相对较低，更要注意预防感染，一旦出现感染相关症状需及时就医。