可以直接吃。木瓜鲜美兼具食疗作用，尤其对女性更有美容功效。木瓜所含的蛋白分解酵素，可以补偿胰和肠道的分泌，补充胃液的不足，有助于分解蛋白质和淀粉。
成熟的木瓜是甜美可口的，可直接食用，其果汁对炭疽杆菌、肺炎双球菌、白喉杆菌、痢疾杆菌、葡萄球菌、结核杆菌等有抑制作用，可用于治疗坏血病、慢性腹泻、痢疾、胃炎、十二指肠溃疡、维生素C缺乏症等。
青木瓜一般作为蔬菜食用，可以和肉类一起炖煮。青木瓜含有丰富的木瓜蛋白酶，可以帮助消化，促进食欲，同时还有丰胸的作用，适合女性食用。
需要注意的是，木瓜不宜过量食用，尤其是胃肠功能弱的人，以免引起腹痛、腹泻等不适症状。此外，木瓜也不适合与海鲜、韭菜、菠菜等食物一起食用，以免影响营养吸收。