真菌感染是否能除根，需要根据具体情况来判断，主要与感染的类型、患者的免疫状态、治疗的及时性和规范性等因素有关。
1.部分真菌感染可以除根。
浅部真菌感染：如手足癣、体股癣等，通过外用抗真菌药物（如酮康唑乳膏、克霉唑乳膏等）或口服抗真菌药物（如伊曲康唑、氟康唑等），通常可以在数周内治愈。
深部真菌感染：如念珠菌血症、曲霉病等，治疗相对较为复杂，可能需要更长时间的治疗，且容易复发。但经过规范的治疗，部分患者的病情可以得到控制，甚至痊愈。
2.免疫功能低下者治疗难度较大。
对于免疫功能正常的人，真菌感染通常可以通过自身的免疫机制清除。然而，免疫功能低下的患者，如艾滋病患者、接受免疫抑制剂治疗的患者等，真菌感染可能难以治愈，容易反复发作。
3.治疗不规范容易导致复发。
如果治疗不彻底，过早停药或使用不规范的药物，可能导致真菌没有被完全消灭，从而容易复发。
此外，一些患者可能存在基础疾病，如糖尿病、灰指甲等，这些疾病也会影响真菌感染的治疗效果。
需要注意的是，真菌感染的治疗应在医生的指导下进行，遵循医嘱按时用药，并注意个人卫生，保持皮肤清洁干燥，避免接触感染源。同时，对于免疫功能低下的患者，应积极治疗基础疾病，提高免疫力，以减少真菌感染的发生。
如果怀疑有真菌感染，应及时就医，进行相关检查，明确诊断，并根据具体情况制定个体化的治疗方案。