溶血性链球菌最常引起的疾病是风湿热和急性肾小球肾炎。
风湿热是一种与A组乙型溶血性链球菌感染有关的全身性结缔组织的非化脓性疾病，可累及全身结缔组织，最常侵犯心脏、关节、皮肤，其中以心脏病变最为严重。A组乙型溶血性链球菌细胞壁上的成分如黏多糖、肽聚糖等，与人体的心瓣膜、关节组织等有共同抗原，可刺激机体产生相应抗体，形成免疫复合物，沉积在人体的心瓣膜和关节滑膜上，激活补体，引起组织损伤。
急性肾小球肾炎常因β溶血性链球菌“致肾炎菌株”感染所致，常见于上呼吸道感染（多为扁桃体炎）、猩红热、皮肤感染等链球菌感染后，而溶血性链球菌的某些抗原成分与肾小球基底膜有共同抗原，可通过循环免疫复合物或原位免疫复合物形成而致病。