山药小米粥的主要功效是健脾益胃、促进消化，同时还具有一定的滋补作用。
山药含有淀粉酶、多酚氧化酶等物质，有利于脾胃消化吸收功能，是一味平补脾胃的药食两用之品。不论脾阳亏或胃阴虚，皆可食用。临床上常用治脾胃虚弱、食少体倦、泄泻等病症。
小米入脾、胃、肾经，具有健脾和胃的作用，特别适合脾胃虚弱的人食用。煮小米粥时，待到粥熟后稍稍冷却沉淀，可以看到粥的上层浮有一层细腻的粘稠物，这就是粥油，具有保护胃黏膜、补益脾胃的功效，最适合慢性胃炎胃溃疡患者食用。新米的补益效果优于陈米。
此外，山药小米粥中的膳食纤维含量较高，能促进肠胃蠕动，缩短食物在肠道内的停留时间，减少有害物质的吸收，对便秘和肠癌有一定的预防作用。同时，它还能降低血液中胆固醇的含量，对高血压、高血脂等疾病有一定的辅助治疗作用。
需要注意的是，由于山药和小米都具有一定的粘性，容易在胃部积食，因此消化不良、腹胀的人不宜过量食用。