宝宝双眼皮消失的原因主要有以下几点：
1.内眦赘皮：(1)宝宝在胚胎期，眼轮匝肌的纤维部分没有发育，或是发育不完全，就会导致内眦赘皮，从而遮盖了部分睑板，使双眼皮不明显，甚至消失。(2)随着宝宝的生长发育，鼻梁逐渐变高，内眦赘皮也会逐渐减轻，双眼皮会变得更明显。
2.皮肤肿胀：(1)宝宝在出生后的几个月内，身体的水分含量较高，皮肤也比较娇嫩，容易出现肿胀。(2)当眼皮肿胀时，会使双眼皮看起来不明显，甚至消失。(3)这种情况通常会随着宝宝的成长而逐渐改善。
3.睡眠姿势：(1)宝宝在睡眠时，如果头部过低，会导致眼部血液循环不畅，眼皮容易肿胀，从而使双眼皮不明显，甚至消失。(2)调整宝宝的睡眠姿势，将头部垫高，可以改善这种情况。
4.遗传因素：(1)双眼皮是一种显性遗传特征，如果父母双方都是双眼皮，宝宝有很大的概率会遗传到双眼皮。(2)但如果父母双方都是单眼皮，或者一方是单眼皮，宝宝也有可能是单眼皮，或者双眼皮不明显。
需要注意的是，如果宝宝在长大后，双眼皮仍然不明显，或者消失了，可能是由于其他原因引起的，如疾病、眼部损伤等。此时，建议及时带宝宝就医，进行详细的检查和诊断。