手足口病治疗期间反复发烧，可能由以下原因引起，可采取以下措施。
1.手足口病未愈：手足口病是由肠道病毒引起的传染病，多发生于5岁以下儿童，表现为口痛、厌食、低热，手、足、口腔等部位出现小疱疹或小溃疡。如果手足口病未愈，体内病毒感染未得到控制，可能会导致反复发烧。
治疗建议：遵医嘱继续治疗手足口病，可使用利巴韦林、干扰素等抗病毒药物，以及布洛芬、对乙酰氨基酚等退烧药。同时，注意保持口腔清洁，多喝水，避免食用辛辣、刺激性食物。
2.并发细菌感染：手足口病患者免疫力下降，容易并发细菌感染，如扁桃体炎、肺炎等，也会引起反复发烧。
治疗建议：及时就医，进行血常规、C反应蛋白等检查，以明确是否并发细菌感染。如有细菌感染，需根据药敏试验结果选择合适的抗生素进行治疗，如阿莫西林、头孢呋辛等。
3.其他疾病：手足口病治疗期间，还可能并发其他疾病，如脑炎、心肌炎等，也会导致反复发烧。
治疗建议：如果孩子出现高热不退、精神萎靡、呕吐、抽搐等症状，应立即就医，进行脑电图、心肌酶等检查，以明确是否并发其他疾病。如有脑炎、心肌炎等并发症，需及时住院治疗，进行相应的抗病毒、营养心肌等治疗。
此外，在手足口病治疗期间，要注意让孩子多休息，保持室内空气流通，饮食清淡易消化，多喝水，注意个人卫生，勤洗手，避免与其他儿童接触，以免交叉感染。同时，要密切观察孩子的病情变化，如有异常，及时就医。