头疼的原因有很多，体温35.5°C伴头疼可能与以下因素有关。
1.感染：体温35.5°C提示体温偏低，可能是由于感染导致的体温调节功能异常。感染可引起体内炎症反应，释放炎症介质，刺激头部血管和神经，导致头疼。
2.脑血管疾病：体温偏低可能是脑血管疾病的先兆，如短暂性脑缺血发作、脑梗死等。这些疾病可导致脑部血液循环障碍，引起头疼。
3.自主神经功能紊乱：自主神经功能紊乱可影响体温调节和血管舒缩功能，导致体温偏低和头疼。
4.药物副作用：某些药物，如抗抑郁药、降压药等，可能会引起头疼等副作用。
5.其他原因：贫血、低血糖、营养不良、颈椎病、心理因素等也可能导致头疼。
如果头疼症状持续不缓解或伴有其他症状，如恶心、呕吐、发热、意识不清等，应及时就医，进行相关检查，如血常规、头颅CT、脑血管造影等，以明确病因，并进行针对性治疗。
在日常生活中，应注意保暖，避免着凉；合理饮食，保证营养均衡；保持良好的生活习惯，避免过度劳累和压力；适当运动，增强体质。如果头疼症状频繁发生，建议及时就医，以便早期诊断和治疗。