手指甲凹陷可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.营养不良：缺乏某些营养素，如铁、钙、维生素等，可能导致手指甲凹陷。
2.甲癣：由真菌感染引起的指甲病变，可导致指甲变形、凹陷。
3.扁平苔藓：一种自身免疫性疾病，可影响指甲和皮肤，导致指甲凹陷。
4.银屑病：一种慢性皮肤病，指甲病变是其常见表现之一，可出现指甲凹陷、增厚、变色等。
5.湿疹：皮肤炎症性疾病，也可能累及指甲，导致指甲凹陷。
6.外伤：指甲受到外伤，如挤压、撞击等，可能导致指甲凹陷。
7.其他：某些系统性疾病，如心脏病、糖尿病、肝硬化等，也可能引起指甲凹陷。
如果发现手指甲凹陷，应及时就医，进行相关检查，以确定具体原因。医生可能会进行以下检查：
1.身体检查：检查指甲的外观、颜色、形状等，以及身体其他部位的皮肤状况。
2.实验室检查：如血常规、微量元素检查、真菌检查等，以排除营养不良、感染等原因。
3.其他检查：根据具体情况，可能会进行自身抗体检查、皮肤镜检查等，以明确诊断。
治疗方法取决于病因。以下是一些常见的治疗方法：
1.补充营养：对于营养不良引起的指甲凹陷，通过饮食调整，补充缺乏的营养素，如铁、钙、维生素等。
2.抗真菌治疗：如果是甲癣引起的指甲凹陷，需要使用抗真菌药物进行治疗。
3.免疫调节治疗：对于扁平苔藓、银屑病等自身免疫性疾病，可能需要使用免疫调节剂或免疫抑制剂进行治疗。
4.治疗原发病：对于由其他疾病引起的指甲凹陷，需要积极治疗原发病。
5.指甲护理：保持指甲清洁，避免过度修剪，避免接触刺激性物质。
需要注意的是，指甲凹陷的原因可能比较复杂，有时需要综合多种治疗方法。在治疗过程中，应遵循医生的建议，按时用药，并注意指甲的护理。此外，如果指甲凹陷伴有其他症状，如疼痛、变色、肿胀等，或持续不愈，应及时复诊，以便调整治疗方案。