男性生殖器官旁边长时间疙瘩，可能是以下原因导致的：
1.皮脂腺囊肿：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。其发生与个人体质有关，好发于头面部、背部和臀部。
2.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。典型表现为米粒至豌豆大小的半球形丘疹，中心有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。初起为淡红色丘疹，逐渐增大增多，融合成乳头状、菜花状或鸡冠状增生物，根部可有蒂，表面湿润，可有瘙痒、灼痛和恶臭。
4.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。初起为局部烧灼感，红斑上出现簇集性小水疱，疱液澄清，破溃后形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。
5.梅毒：由梅毒螺旋体感染引起，主要通过性接触传播。一期梅毒表现为硬下疳，即在生殖器部位出现无痛性溃疡；二期梅毒可出现皮肤黏膜损害、骨关节损害、眼损害、神经系统损害等。
6.其他：如脂肪瘤、纤维瘤、皮脂腺异位症等也可导致男性生殖器官旁边出现疙瘩。
如果发现男性生殖器官旁边有长时间的疙瘩，建议及时就医，明确诊断后采取相应的治疗措施。同时，要注意保持局部清洁卫生，避免搔抓和挤压，避免不洁性生活。