月子期间偏头疼可能会落下病根，具体原因如下：
1.月子期间女性身体较为虚弱，免疫力下降，如果此时发生偏头疼，可能是由于荷尔蒙水平的变化、激素失衡、睡眠不足、压力过大、疲劳、饮食不当、头部受凉等原因引起。
2.如果月子期间偏头疼没有得到及时有效的治疗，可能会导致病情迁延不愈，反复发作，从而留下病根。
3.月子期间偏头疼如果治疗不当，还可能会引发其他并发症，如头晕、恶心、呕吐、记忆力下降等，从而影响女性的生活质量。
因此，建议女性在月子期间注意保暖，避免头部受凉，保证充足的睡眠，避免过度劳累，保持心情舒畅，饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物。如果出现偏头疼症状，应及时就医，在医生的指导下进行治疗，以免留下病根。