大姨妈三个月没来，检查也没怀孕，可能是以下原因：
1.内分泌失调：如果长期的精神压抑、生闷气或遭受重大精神刺激和心理创伤，都可能导致月经失调或痛经、闭经。此外，作息不规律、熬夜、过度节食、嗜好烟酒等也可能引起内分泌失调，导致月经推迟。
2.多囊卵巢综合征：这是一种常见的妇科内分泌疾病，以雄激素过高的临床或生化表现、持续无排卵、卵巢多囊改变为特征，常伴有胰岛素抵抗和肥胖。患者可能会出现月经稀发或闭经、痤疮、多毛、肥胖等症状。
3.其他：子宫内膜结核、多次宫腔手术后损伤子宫内膜、卵巢早衰、闭经溢乳综合征等也可能导致大姨妈三个月没来。
如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，如性激素六项、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。此外，保持良好的生活习惯和心态，也有助于调节月经。