深昏迷与中度昏迷最有价值的鉴别是（对疼痛刺激的反应）。
原因：
1.（昏迷程度的划分）：昏迷是一种严重的意识障碍，根据其程度可分为浅昏迷、中度昏迷和深昏迷。中度昏迷时，对疼痛刺激有反应，如皱眉、肢体退缩等，但反应比较微弱；而深昏迷时，对疼痛刺激无任何反应。
2.（对疼痛刺激的反应）：对疼痛刺激的反应是判断昏迷程度的重要指标之一。通过观察患者对疼痛刺激的反应，可以初步判断其昏迷的深度。在深昏迷状态下，患者的意识完全丧失，无法感知外界刺激，因此对疼痛刺激无反应；而中度昏迷时，患者的意识部分丧失，对疼痛刺激有一定的反应。
3.（其他鉴别方法的局限性）：除了对疼痛刺激的反应外，还可以通过其他方法来鉴别深昏迷和中度昏迷，如瞳孔反射、呼吸和自主神经功能等。然而，这些方法相对较为复杂，需要专业的医疗设备和技术，不如对疼痛刺激的反应直观和易于判断。
综上所述，对疼痛刺激的反应是深昏迷与中度昏迷最有价值的鉴别方法。