阴茎根部长了两个痘痘不痛不痒，可能是多种原因引起的，以下是一些可能的情况：
1.皮脂腺异位症：这是一种良性病变，通常发生在青春期后，表现为针头大小、孤立的、黄白色的小丘疹，无自觉症状。
2.珍珠状阴茎丘疹：这也是一种良性病变，常见于青春期后，表现为环绕阴茎冠状沟的珍珠状半透明丘疹，无自觉症状。
3.尖锐湿疣：这是一种由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病，主要通过性接触传播。初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。红色或污灰色。根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。
4.阴茎中线囊肿：这是一种先天性发育异常，表现为阴茎中线处的囊性肿物，无自觉症状。
5.其他：如传染性软疣、鲍温样丘疹病、扁平湿疣等也可能出现类似症状。
需要注意的是，以上只是一些可能的情况，具体原因需要通过详细的病史采集、体格检查和必要的实验室检查来确定。如果痘痘持续存在或逐渐增大，或者伴有疼痛、瘙痒、出血等症状，应及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。
对于有过不洁性行为的人，尤其是同时伴有尿频、尿急、尿痛、尿道分泌物等症状时，应高度怀疑尖锐湿疣的可能，应及时就医，进行相关检查和治疗。此外，无论是什么原因引起的痘痘，都应注意局部卫生，避免搔抓和挤压，以免引起感染扩散。
总之，如果发现阴茎根部长了痘痘，应及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，避免不洁性行为，以预防相关疾病的发生。