巧克力囊肿一般不会自愈，需要进行规范治疗。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，异位的子宫内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿，囊内含暗褐色黏糊状陈旧血，似巧克力糊状，故又称“巧克力囊肿”。以下是巧克力囊肿的治疗方法：
1.药物治疗：
假孕疗法：使用孕激素类药物，使异位的子宫内膜发生类似妊娠的反应，如闭经，从而使异位内膜逐渐萎缩剥落。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a），通过抑制垂体功能，减少卵巢雌激素分泌，使异位的子宫内膜逐渐萎缩。
2.手术治疗：
保守性手术：保留卵巢功能的手术，适用于年轻、有生育要求的患者。手术方式包括卵巢巧克力囊肿剔除术、腹腔镜下卵巢电灼术等。
半根治性手术：即全子宫及双侧附件切除术，适用于年龄较大、无生育要求的患者。
3.其他治疗：
介入治疗：通过血管介入的方法，将药物直接注入卵巢囊肿内，使囊肿萎缩。
中医治疗：中医认为巧克力囊肿的发生与血瘀有关，可采用活血化瘀、软坚散结的中药进行治疗。
需要注意的是，巧克力囊肿的治疗方法应根据患者的年龄、症状、生育要求等因素综合考虑。患者应在医生的指导下选择合适的治疗方案，并定期复查。