头痛咽痛不一定是新型冠状病毒感染，也可能是其他疾病引起。以下是一些可能导致头痛咽痛的原因：
1.普通感冒：通常由病毒感染引起，除了头痛咽痛外，还可能伴有流涕、咳嗽、鼻塞等症状。
2.流感：由流感病毒引起，症状比普通感冒更严重，除了头痛咽痛外，还可能发热、全身肌肉酸痛等。
3.急性扁桃体炎：由细菌感染引起，除了头痛咽痛外，还可能伴有扁桃体红肿、吞咽困难等症状。
4.其他感染性疾病：如急性咽炎、急性会厌炎等，也可能导致头痛咽痛。
5.非感染性疾病：如偏头痛、紧张性头痛、三叉神经痛等，也可能出现头痛症状；急性喉炎、喉部肿瘤等也可能导致咽痛。
6.药物副作用：某些药物可能会引起头痛咽痛等不良反应。
7.其他：如过敏、中毒、自身免疫性疾病等也可能导致头痛咽痛。
需要注意的是，新型冠状病毒感染也可能出现头痛咽痛等症状，但这些症状并不具有特异性，不能仅凭头痛咽痛就诊断为新型冠状病毒感染。如果出现头痛咽痛等症状，尤其是在疫情期间，应及时就医，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，勤洗手，保持室内通风，避免前往人员密集的场所，以预防感染。