青春期女孩小腹疼痛的原因主要有以下几点：
1.排卵性腹痛：青春期女孩在排卵时，卵泡破裂，卵泡液对腹膜可能有一定的刺激作用，所以她们有时会出现左右交替的、每月一次的轻微腹痛。这属于生理性的，表现多为一侧性下腹隐痛、钝痛或坠胀样疼痛，部分少女同时伴有少许阴道出血，即排卵期出血，多在一两天后自行消失，一般不超过七天。这种腹痛多无任何病理改变，妇科检查也完全正常，属于生理性腹痛，一般不需处理。
2.痛经：青春期女孩在月经期间发生剧烈的小肚子痛，月经过后自然消失的现象，是青春期少女常见的一种生理现象。如果疼痛剧烈，面色苍白，出冷汗，手足冰冷，甚至昏厥，称为痛经。痛经可分为原发性痛经和继发性痛经两种。原发性痛经是指从有月经开始就发生的腹痛，多为子宫收缩和局部缺血导致神经精神性疼痛，或因子宫发育不良、子宫颈口狭窄。子宫位置不正，内分泌失调所致。继发性痛经则是指行经数年或十几年才出现的经期腹痛，多数是疾病造成的，例如子宫内膜异位、盆腔炎、盆腔充血等。近年来发现，子宫内膜合成前列腺素增多时，也能引起痛经。因此需要通过检查，确定痛经发生的原因之后，针对原因进行治疗。
3.青春期功能失调性子宫出血：青春期女孩的下丘脑—垂体—卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，大脑中枢对雌激素的正反馈作用存在缺陷，是导致青春期功能失调性子宫出血的主要原因。主要症状为月经周期紊乱、经量增多、经期延长、不规则阴道流血等。其中，以子宫不规则出血最多见，出血量多或时间长者常导致贫血。治疗方法主要是止血，调整周期，促排卵。
4.子宫内膜异位症：这是青春期女孩最常见的疾病之一，子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜，在子宫被覆面及宫体肌层以外的地方生长繁殖而形成的一种妇科疾病。青春期女孩的子宫内膜异位症主要表现为渐进性加剧的痛经，还常伴有性交痛、月经失调、不孕等。目前，对于青春期子宫内膜异位症的治疗，主要采用药物和手术的方法。
5.肿瘤：青春期女孩也可能患子宫肌瘤等肿瘤。子宫肌瘤是女性生殖器官中最常见的良性肿瘤，多发生于35～50岁。子宫肌瘤常为多发性，并且以上不同类型肌瘤可同时发生在同一子宫上，称为多发性子宫肌瘤。子宫肌瘤的主要症状是月经周期缩短、经量增多、经期延长、不规则阴道流血等。一旦青春期女孩出现子宫肌瘤，必须予以高度重视，因为当肌瘤较大时，会导致腹部肿块、白带增多、腹痛、腰酸、下腹坠胀、尿频、排尿困难、尿潴留等一系列并发症，严重时还可导致贫血。
总之，青春期女孩小腹疼痛的原因有很多，如果疼痛持续时间较长或疼痛较为剧烈，建议及时就医，以便明确诊断并进行相应的治疗。