高烧39度不一定是新型冠状病毒感染，可能是其他原因引起的。以下是一些可能导致高烧39度的原因：
1.感染：细菌、病毒、真菌等感染都可能导致发热，如肺炎、上呼吸道感染、尿路感染等。
2.自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可导致发热。
3.恶性肿瘤：某些恶性肿瘤也可能引起发热，如白血病、淋巴瘤等。
4.药物反应：某些药物的副作用可能导致发热，如抗生素、抗癫痫药等。
5.其他：如中暑、手术后吸收热等。
如果出现高烧39度，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、C反应蛋白、胸部CT等，以明确病因，并进行相应的治疗。同时，应注意休息，多喝水，保持室内空气流通。
需要注意的是，新型冠状病毒感染也可能导致发热，但除了发热外，还可能伴有咳嗽、乏力、呼吸困难等症状。如果有疫情高发地区旅居史，或与确诊病例有密切接触史，出现发热症状应及时就医，并告知医生相关情况，以便进行进一步的排查和诊断。