女性衣原体感染可能会自愈，但也可能会加重病情。
衣原体是一种能通过细菌滤器的原核细胞型微生物，女性感染衣原体后，是否会自愈以及病情是否会加重，与衣原体感染的类型、患者的身体状况等因素有关。具体如下：
可能会自愈：如果女性感染的是沙眼衣原体，且感染症状较轻，自身免疫力较强，通过保持良好的生活习惯，如注意个人卫生、避免不洁性行为、均衡饮食、适量运动等，有可能会使衣原体感染自愈。
可能会加重：如果女性感染的是鹦鹉热衣原体或肺炎衣原体，或感染症状较重，自身免疫力较弱，衣原体感染可能会加重，引起盆腔炎、输卵管炎、子宫内膜炎等并发症，严重时还可能会导致不孕。
需要注意的是，衣原体感染具有传染性，主要通过性接触传播，也可通过接触被衣原体污染的物品间接传播。因此，女性感染衣原体后，应及时就医，在医生的指导下进行治疗，同时避免性生活，以免传染给他人。此外，患者的性伴侣也应同时接受检查和治疗，以避免交叉感染。