一只眼睛眨眼睛的时候疼，可能与以下原因有关。
感染：如结膜炎、角膜炎等，可导致眼部炎症，从而引起疼痛、红肿、分泌物增多等症状。
外伤：眼部受到外力撞击、划伤等，可导致眼部组织损伤，引起疼痛。
干眼症：泪液分泌不足或质量下降，可导致眼睛干涩、疼痛。
青光眼：眼压升高可导致视神经损伤，引起眼部疼痛、视力下降等症状。
其他：倒睫、麦粒肿、虹膜炎等也可引起眼睛疼痛。
如果出现一只眼睛眨眼睛的时候疼的症状，建议及时就医，进行详细的眼部检查，如视力检查、眼压测量、裂隙灯检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意眼部卫生，避免揉眼，避免长时间用眼，保持充足的睡眠。
对于孕妇、儿童、老年人等特殊人群，如果出现眼睛疼痛，应更加重视，及时就医。孕妇在用药时需特别注意，应在医生的指导下选择对胎儿安全的药物。儿童可能无法准确描述症状，家长应密切观察孩子的眼部情况，如有异常及时就医。老年人的眼部疾病可能较为复杂，更应重视眼部检查，以便及时发现和治疗潜在的眼部问题。
总之，一只眼睛眨眼睛的时候疼可能是多种原因引起的，需要及时就医，明确病因，采取相应的治疗措施。同时，应注意眼部卫生和保护，避免病情加重。