核磁共振检查一般对人体无害，但在某些特殊情况下可能存在相对风险。
一、磁场相关影响
核磁共振依靠强大磁场工作，体内有心脏起搏器等金属植入物的人群不能进行检查，因为磁场可能干扰植入物正常功能，影响身体健康。对于佩戴金属假牙、节育环等金属异物的人群，检查前需告知医生，部分情况可能影响检查结果或带来潜在风险。
二、噪声方面影响
检查时会产生较大噪声，可能导致受检者短暂的听力不适，尤其是儿童可能因噪声感到恐惧，检查前可适当安抚儿童情绪，使其尽量配合检查。
三、检查时间影响
一些复杂部位的核磁共振检查时间较长，对于不能配合保持静止的受检者，可能需要使用镇静剂等，而镇静剂可能对特殊人群如肝肾功能不全者有影响，所以检查前医生会评估受检者整体状况。
四、特殊人群影响
孕妇进行核磁共振检查时，虽然目前认为常规参数的核磁共振检查对胎儿影响较小，但仍需严格掌握适应证，由专业医生根据具体情况判断是否进行检查，以最大程度保障孕妇和胎儿安全。