牛黄解毒丸和牛黄上清丸都属于清热剂，都有牛黄、黄芩、黄连、黄柏、栀子等成分，但在药物组成、功效、主治等方面存在差异。
牛黄解毒丸：由人工牛黄、雄黄、石膏、大黄、黄芩、桔梗、冰片、甘草组成。具有清热解毒的功效。用于火热内盛，咽喉肿痛，牙龈肿痛，口舌生疮，目赤肿痛。
牛黄上清丸：由人工牛黄、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、川芎、栀子、黄连、黄柏、黄芩、大黄、连翘、赤芍、当归、地黄、桔梗、甘草、石膏、冰片组成。具有清热泻火，散风止痛的功效。用于热毒内盛、风火上攻所致的头痛眩晕、目赤耳鸣、咽喉肿痛、口舌生疮、牙龈肿痛、大便燥结。
总之，牛黄解毒丸偏重于清热解毒，主要用于治疗火热内盛导致的各种症状；牛黄上清丸则偏重于清热泻火，同时具有散风止痛的功效，适用于热毒内盛兼有风火上攻的症状。在使用时，应根据具体症状选择合适的药物，并按照说明书或医生的建议使用。