怀孕13周时，小腹两侧隐隐作痛可能与以下因素有关。
1.子宫增大：怀孕13周时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫两侧的圆韧带，引起小腹两侧隐痛。这种疼痛通常为牵扯痛，表现为隐痛或钝痛，休息后可缓解。
2.先兆流产：如果小腹两侧隐痛同时伴有阴道少量出血，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以了解胎儿的情况。医生可能会建议卧床休息、使用孕激素等药物进行保胎治疗。
3.其他原因：怀孕13周时，孕妇的身体可能会出现一些其他变化，如韧带拉伸、消化不良等，也可能导致小腹两侧隐痛。此外，一些妇科疾病，如盆腔炎、附件炎等，也可能引起腹痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，如发热、阴道大量出血、剧烈呕吐等，应及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。同时，孕妇在孕期应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，合理饮食，按时进行产前检查。