耳朵后面头疼一阵阵疼可能是由多种原因引起的，需要根据具体情况选择相应的科室。以下是一些可能的科室：
1.神经内科：如果头疼伴有头晕、恶心、呕吐、肢体麻木等症状，可能是神经系统疾病引起的，如偏头痛、三叉神经痛、枕大神经痛等。神经内科医生会进行详细的神经系统检查，如脑电图、头颅MRI等，以确定病因并制定治疗方案。
2.耳鼻喉科：耳朵后面头疼一阵阵疼也可能是耳部疾病引起的，如中耳炎、外耳道炎、鼓膜穿孔等。耳鼻喉科医生会进行耳部检查，如耳镜检查、听力测试等，以确定病因并进行相应的治疗。
3.外科：如果头疼伴有耳部红肿、发热等症状，可能是耳部感染或外伤引起的，需要到外科就诊。外科医生会进行详细的体格检查，如触诊、听诊等，以确定病因并进行相应的治疗。
4.疼痛科：如果头疼非常剧烈，影响日常生活和工作，可以到疼痛科就诊。疼痛科医生会根据头疼的程度和病因，选择合适的治疗方法，如药物治疗、物理治疗、神经阻滞等。
总之，耳朵后面头疼一阵阵疼需要根据具体情况选择相应的科室进行就诊。如果头疼持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时就医，以免延误病情。