孕早期流褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：在孕早期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内停留时间较长，就会呈现褐色。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，宫外孕时随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起阴道出血，颜色也可为褐色。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，由于滋养细胞增生，间质水肿，形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄，也称水泡状胎块。常发生于生育年龄的女性，多数患者停经后阴道流血为主要症状，多发生于停经后8-12周，出血量可多可少，色暗红，可反复出现，若有大量出血可导致贫血。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，主要症状为阴道分泌物增多、白带带血或性生活后出血。
5.其他：还可能与胚胎发育不良、胎盘前置、低置等因素有关。
如果在孕早期出现褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如B超、孕酮、血HCG等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉快，按时产检。