三岁宝宝脸上起小红疙瘩，可能是以下原因引起：
1.湿疹：如果宝宝属于过敏体质，或接触了过敏原，如花粉、动物毛发等，可能会引发湿疹，导致脸上起小红疙瘩。此外，宝宝食用了芒果、鸡蛋等易过敏的食物，或使用了碱性较强的肥皂、护肤品等，也可能会刺激皮肤，引发湿疹。湿疹可导致宝宝皮肤出现红斑、丘疹、水疱等症状，伴有瘙痒感。家长可以在医生的指导下给宝宝使用湿疹膏、氧化锌软膏等药物进行治疗。同时，要保持宝宝皮肤清洁，避免过度搔抓，避免接触过敏原。
2.痱子：如果宝宝出汗过多，汗液无法及时排出，可能会导致汗腺导管堵塞，从而引发痱子。痱子可导致宝宝脸上出现针头大小的水疱或丘疹，伴有刺痛感。家长可以在医生的指导下给宝宝使用炉甘石洗剂、痱子粉等药物进行治疗。同时，要保持宝宝皮肤清洁，勤洗澡，勤换衣物，避免宝宝长时间受热。
3.痤疮：如果宝宝体内雄激素水平过高，或皮脂腺分泌旺盛，可能会导致皮脂腺堵塞，从而引发痤疮。痤疮可导致宝宝脸上出现粉刺、丘疹、脓疱等症状，伴有疼痛和瘙痒感。家长可以在医生的指导下给宝宝使用维A酸乳膏、过氧化苯甲酰凝胶等药物进行治疗。同时，要保持宝宝皮肤清洁，避免用手挤压痤疮，以免引起感染。
4.手足口病：手足口病是由肠道病毒感染引起的传染病，主要通过消化道、呼吸道和密切接触等途径传播。手足口病可导致宝宝手、足、口腔等部位出现水疱或皮疹，伴有发热、咳嗽、流涕等症状。如果宝宝脸上的红疙瘩同时伴有上述症状，家长应及时带宝宝就医，在医生的指导下进行治疗。
5.其他原因：宝宝脸上起小红疙瘩还可能是由其他原因引起的，如药疹、猩红热、麻疹等。如果宝宝脸上的红疙瘩持续不消退或逐渐加重，家长应及时带宝宝就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。