脑囊肿手术可能会有一些后遗症，具体包括以下几个方面：
1.颅内感染：手术过程中，如果没有严格遵守无菌操作，或者术后护理不当，可能会导致颅内感染。患者会出现发热、头痛、呕吐等症状。
2.脑积水：如果囊肿与脑室相通，或者手术过程中损伤了脑室结构，可能会导致脑积水。患者会出现头痛、恶心、呕吐、视力下降等症状。
3.神经功能障碍：手术过程中，如果损伤了周围的神经组织，可能会导致神经功能障碍。患者可能会出现面瘫、失语、肢体瘫痪等症状。
4.癫痫：脑囊肿手术后，部分患者可能会出现癫痫发作。
5.复发：脑囊肿手术后，有一定的复发率。如果囊肿没有完全切除，或者术后发生了感染、出血等并发症，都可能导致复发。
需要注意的是，并不是所有的患者都会出现上述后遗症，具体情况因人而异。如果患者在术后出现了不适症状，应及时就医，以便早期诊断和治疗。